1765 yılında Hotin’de doğdu. Babası Rusçuk yeniçerilerinden Hacı Hasan Ağa’dır. Önce Yeniçeri Ocağına intisap etti. Daha sonra Rusçuk’ta hayvancılık ve ziraatla uğraşmaya başladı. Bu sırada yörenin en güçlü ayanı olan Tirsinkli İsmail Ağa’nın hizmetine girdi. Rumeli ayanlarından asi Pazvandoğlu’na karşı verilen mücadelede gösterdiği başarılar üzerine çeşitli rütbeler alarak ismini duyurmaya başlayan Alemdar Mustafa Paşa, Pazvandoğlu’nun, önde gelen adamlarını ele geçirmesi üzerine, kapıcıbaşılık rütbesi ile taltif edildi. Bir müddet sonra da Hezargad ayanlığına tayin edildi. Tirsinkli İsmail Ağa’nın ani ölümü, Alemdar Mustafa Paşa’nın hayatında bir dönüm noktası oldu. Rusçuk’a gelen Alemdar Mustafa Paşa “ayanlar ayanı” seçildi. Merkezi hükümet, istemeyerek de olsa Tirsinki’nin kontrolündekinden daha büyük bir bölgeyi, onun hakimiyetine vermek zorunda kaldı. Aynı yıl başlayan Osmanlı-Rus savaşında Alemdar Mustafa Paşa çok büyük yararlılıklar gösterdi. Bu sırada patlak veren Kabakçı Mustafa isyanı sonunda, birçok ıslahata imza atmış olan Sultan Üçüncü Selim tahttan indirilerek, yerine Sultan Dördüncü Mustafa çıkarıldı. Alemdar Mustafa Paşa bu isyana karşı çıktı. Sultan Üçüncü Selim’in öldürüleceğini haber alan Alemdar Mustafa Paşa, alelacele İstanbul’a gitti. Ancak Sultan Dördüncü Mustafa’nın emri ile eski padişah Sultan Üçüncü Selim katledildi. Bu sırada ancak Şehzade Mahmud kurtarılabildi ve tahttan indirilen Sultan Dördüncü Mustafa’nın yerine tahtta geçirildi. Bu arada sadrazam seçilen Alemdar Mustafa Paşa, ilk iş olarak Sultan Üçüncü Selim’in katillerinin cezalandırılmasını sağladı. Alemdar Mustafa Paşa’nın dört ay süren sadrazamlığı sırasındaki en önemli icraatları Sened-i İttifak’ı imzalatması ve kaldırılmış olan Nizam-ı Cedid’in yerine Sekban-ı Cedid askeri ocağını kurması oldu. Her şeye hakim görünen Alemdar Mustafa Paşa, tedbiri elden bırakmak ve yeniçeri tehlikesini küçümsemek gibi iki önemli hata yapınca, 15 Kasım 1808 gecesi büyük bir isyan patlak verdi. Alemdar Mustafa Paşa, kuşatılan köşkünde mahsur kaldı. Yardımın da gecikmesi üzerine umudu kalmayan Alemdar Mustafa Paşa, cephaneliği ateşe vererek, hem kendisinin hem de isyancıların bir kısmının ölümüne yol açtı. Cesedi zorbalar tarafından Yedikule dışında kör bir kuyuya atılan Alemdar Mustafa Paşa’nın, kemikleri Yeniçeri Ocağının ilgasından sonra oradan çıkartılarak Yedikule surları civarına gömüldü. İkinci Meşrutiyetin ilanından sonra da Zeyneb Sultan Camii haziresine nakledildi.
