Muzaffer Yalçın, 28 Mart 2004 yerel seçimlerinde il genel meclisi üyesi olarak siyaset hayatına atıldı. İl genel meclisinde görevi süresince 2 dönem daimi encümenlik üyeliğinde ihtisas komisyonları olan plan bütçe komisyonu, imar bayındırlık komisyonu,çevre orman komisyonu üyeliğinde bulundu.
Bilecik 2. OSB müteşebbis heyet üyeliği, Pazaryeri OSB Yönetim kurulu üyeliği Osmaneli OSB müteşebbis heyet üyeliği, görevlerinde bulundu.
2 yıl il genel meclis başkanlık divanında katip üye olarak görev aldı. Pazaryeri köylere hizmet götürme birliği encümen üyeliği ve il daimi encümen üyeliği yaptı.
30 Mart 2014 yerel seçiminde Ak Parti’den Bilecik, Pazaryeri Belediye Başkanı seçildi.
Muzaffer Yalçın, evli ve 2 erkek 1 kız çocuğu bulunmaktadır.